“你們放下手頭的所有工作，全力做這件事?！?月31日，大年初七，陸劍把自己的兩位博士生拉入了一個小群。

他給學(xué)生布置了一個任務(wù)——根據(jù)數(shù)據(jù)庫中的公開基因組序列，研究新型冠狀病毒。

那時，陸劍也未預(yù)料到新冠肺炎疫情會持續(xù)這么久，影響這么多人。他的想法非常簡單——給暫時無法返校的學(xué)生找點事做，讓他們學(xué)些新東西。

陸劍是北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院及蛋白質(zhì)與植物基因研究國家重點實驗室研究員，主要研究領(lǐng)域是進化生物學(xué)。根據(jù)疫情防控要求，學(xué)生目前還無法返校。5月底，陸劍帶著科技日報記者走過一間間空蕩蕩的實驗室，笑著說：“還有些不習(xí)慣。”

“這個地方太不同尋常了”

1月末，對新冠病毒的研究如雨后春筍。1月30日，《自然》的一篇文章顯示，已經(jīng)有54篇與新冠病毒相關(guān)的英文論文發(fā)表。

陸劍記得，2003年他在美國芝加哥大學(xué)攻讀博士時，導(dǎo)師吳仲義先生與趙國屏先生及國內(nèi)其他專家合作，完成了SARS的基因組演化研究。那時，陸劍并沒有直接參與這項工作，但也被演化生物學(xué)與基因組結(jié)合所表現(xiàn)出的強大力量震撼。面對此次新冠肺炎疫情，陸劍想，或許自己能做些基因組演化工作，“這是我們的老本行”。

陸劍也把它當成一次實戰(zhàn)教學(xué)，學(xué)生回不來，但學(xué)習(xí)要繼續(xù)。

病毒基因組演化的樣貌漸漸展現(xiàn)。這是一種單鏈RNA病毒，基因組為近3萬個核苷酸，編碼12個基因，編碼區(qū)占基因組的近98%。

研究開始后不久，他們就抓住了第一個不尋常之處。

那時，能夠分析的數(shù)據(jù)不多。即使一邊做一邊補充更新的數(shù)據(jù)，他們也只能分析103個病毒的基因組數(shù)據(jù)。

但就是根據(jù)這103個序列，在參考基因組的第8782和第28144位，課題組看到了“打包出現(xiàn)”的突變——這似乎是兩個高度連鎖的突變位點。

一般基因的突變都是單個隨機出現(xiàn)，但這里的突變有所不同——“有你必有我”。“當時并不知道這個發(fā)現(xiàn)會有多大的意義，我只是覺得它太不尋常了。”

陸劍用投屏的方式向記者演示他的發(fā)現(xiàn)：“你看，新冠病毒基因組存在兩個非常明顯的譜系。”

課題組把兩個譜系稱為“L”和“S”，它們因基因組28144位突變對應(yīng)的氨基酸分別是亮氨酸（L）和絲氨酸（S）得名。在103個樣品中，72個為L譜系，29個為S譜系。

譜系之間分得如此清晰，也意味著這種分化在病毒演化早期就已經(jīng)產(chǎn)生。那么，究竟哪一個譜系更為古老？

在這里，陸劍課題組也引入了做演化分析常用的一種手段——外群分析。他們用更為古老的病毒作為參考系后發(fā)現(xiàn)，在樣本中占據(jù)更大比例的L譜系其實是“后來居上”，它實際上比S譜系更年輕。

學(xué)生：幾個月只出過一次家門

“疫情就擺在那?！边@是在交流中課題組博士生吳長城常說的一句話。疫情是“命令”，是責任，也是壓力。

對學(xué)生來說，和新冠病毒的這次交手，確實是一次頗具挑戰(zhàn)的學(xué)習(xí)過程。他們必須快速掌握此前并不熟悉的軟件和分析工具，來到這個熱門又陌生的領(lǐng)域。在短暫摸索之后，找到自己的位置，安營扎寨，埋頭深挖下去。

“有消息就回，有活就干?！眳情L城這樣形容他們的工作狀態(tài)。有一次，大家合作在微信群里改論文，一口氣從頭一天傍晚6時改到了第二天凌晨5時。

他們都覺得時間緊迫。

讀博士三年級的課題組學(xué)生唐小鹿，從寒假到現(xiàn)在，就出過一次家門。

家長和孩子必要的溝通，是在飯點。團隊成員經(jīng)常開語音討論會，唐小鹿能聽到手機那頭的叔叔阿姨在催著——“吃飯了!”她的戰(zhàn)友們會短暫停頓一下，喊回去：“等一會兒！等一會兒！”

“唐小鹿，吳長城，姚欣敏，吳鑫凱……這些學(xué)生責任感很強，確實是比較‘玩命’地在做研究?！标憚Π阉麄儼€夸了一遍。

其實，在學(xué)生們看來，陸老師也是一個似乎不用休息的“狠角色”?！八?jīng)常夜里一兩點還在群里發(fā)消息，早上再一看，老師又出現(xiàn)了?！碧菩÷拐f。

會繼續(xù)用科學(xué)說話

3月3日，《國家科學(xué)評論》（National Science Review）在線發(fā)布了陸劍和中科院上海巴斯德研究所崔杰課題組合寫的論文《SARS-CoV-2的起源與持續(xù)進化》。其中最引人注意的，就是新冠病毒的譜系劃分。

對陸劍來說，后面發(fā)生的事情，才是被他稱作“最困難”的部分——關(guān)注的人太多，誤讀太多，爭議也接踵而來。

論文結(jié)論被加上延伸解讀，出現(xiàn)在了微博熱搜；陸劍的郵箱里，收到了來自世界各地普通人的問詢郵件。他們問陸劍，病毒變異了嗎？會不會影響疫苗效力？

其實，RNA病毒產(chǎn)生變異很正常，但這些變異如何影響病毒的功能，還需要進一步研究。

“我完全沒想到會有這么多人關(guān)注！”陸劍感嘆，“這是壓力，也是鞭策。”

論文上線后，有國外研究者在網(wǎng)站上質(zhì)疑病毒的分型可靠性。陸劍向質(zhì)疑者詳細解釋了研究方法和結(jié)論。

陸劍課題組論文發(fā)表約一個月后，國外也有團隊報道了病毒的分型。實際上，那篇文章對病毒的分型與陸劍課題組的基本一致。

現(xiàn)在，公開數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)有了33000多條病毒基因組序列，超過99.5%病毒基因組依然可以清晰地分為L或S譜系。也就是說，當初團隊根據(jù)103條基因組序列得出的結(jié)論，完全經(jīng)得起推敲，也進一步得到了驗證。

現(xiàn)在，課題組依然在連軸轉(zhuǎn)。他們和合作者一起細分了兩種譜系的亞譜系，繪制了新冠病毒亞譜系的世界分布圖，也在病毒不同譜系致病性上得出了一些初步結(jié)論。

“新冠病毒是全人類共同的敵人，能盡一份力，也是一種貢獻?！标憚ο敫兄x很多人：武漢大學(xué)相關(guān)團隊，中科院昆明動物所呂雪梅研究員等同行，還有張亞平院士和吳仲義教授等資深科學(xué)家的組織和指導(dǎo)……在這些人身上，他看到了強烈的社會責任感和忘我的科研精神。陸劍反復(fù)強調(diào)，團隊的基因組分析工作是建立在我國和世界各地奮斗在一線的醫(yī)務(wù)人員及科研人員共同努力的成果之上的?！拔覀儠眠@些寶貴的數(shù)據(jù)，繼續(xù)探索病毒的演化規(guī)律，純粹用科學(xué)說話?！睆埳w倫

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