2019年10月8日，美國圣地亞哥的Salk研究所的Geoffrey Wahl團隊在Cell Reports雜志上發(fā)表文章“Single-Cell Chromatin Analysis of Mammary Gland Development Reveals Cell-State Transcriptional Regulators and Lineage Relationships”，利用最前沿的單細胞染色質(zhì)可接近性圖譜揭示了正常乳腺發(fā)育過程中細胞狀態(tài)特異性轉錄因子結合位點的變化動態(tài)和細胞譜系的關系。該團隊希望通過了解乳腺正常發(fā)育過程中細胞狀態(tài)轉換的分子機理，在未來進一步理解乳腺癌細胞可塑性和異質(zhì)性的分子機理。
　　在該研究中，作者們首次在染色質(zhì)可接近性方面，觀察到胚胎乳腺原基在胚胎發(fā)育晚期已經(jīng)開始獲得成年鼠分化乳腺細胞特異的染色質(zhì)可接近性特征。進一步通過轉錄因子結合位點在染色質(zhì)可接近區(qū)域的富集程度，推測了轉錄因子在不同細胞的活躍性。作者們利用機器學習的方法預測了細胞譜系特異性的轉錄因子，其中包括多個已經(jīng)實驗驗證的乳腺細胞轉錄因子。根據(jù)推測的每個細胞中轉錄因子的活躍性所構建的擬時間發(fā)育軌跡，高度吻合單細胞轉錄組數(shù)據(jù)。
　　作者還發(fā)現(xiàn)，相對于啟動子，位于基因啟動子遠端的增強子可接近性數(shù)據(jù)包含更多細胞狀態(tài)特異性信息。根據(jù)具有配對關系的基因和遠端增強子在單一細胞中的共同可接近性，作者們預測小鼠乳腺發(fā)育過程中遠端增強子的靶基因。預測的基因與遠端增強子關系圖譜將會為乳腺研究領域提供一項可貴的資源。結合細胞譜系特異性染色質(zhì)可接近性信息和H3K27ac染色質(zhì)免疫共沉淀--高通量測序(ChIP-Seq)圖譜，人們可以尋找自己感興趣基因的增強子位置和細胞譜系特異性。作者還根據(jù)基因本身的可接近性和他所屬的遠端增強子的可接近性，預測了一萬三千多個基因的可接近性。預測的基因可接近性數(shù)據(jù)高度與單細胞轉錄組數(shù)據(jù)吻合。
　　該研究成果將會為乳腺相關研究中具體的分子機理研究設立實驗假說提供方便的基礎資源。
免責聲明：本網(wǎng)轉載自其它媒體的文章，目的在于弘揚科技創(chuàng)新精神，傳遞更多科技創(chuàng)新信息，并不代表本網(wǎng)贊同其觀點和對其真實性負責，在此我們謹向原作者和原媒體致以崇高敬意。如果您認為本站文章侵犯了您的版權，請與我們聯(lián)系，我們將第一時間刪除。