自2016年以來，石柱不斷完善主體培育、投入引導、人才引進、平臺建設、技術(shù)轉(zhuǎn)化等創(chuàng)新發(fā)展的體制機制，有序推進以辣椒、莼菜等為主的食品加工、以黃連為主的生物醫(yī)藥以及汽車配件、清潔能源等特色產(chǎn)業(yè)科技創(chuàng)新，加速建設區(qū)域性技術(shù)轉(zhuǎn)移中心。
　　 一是建立創(chuàng)新主體培育機制。出臺科技型企業(yè)培育政策，對企業(yè)申請專利、授權(quán)專利的費用給予資助，對首次認定為國家高新技術(shù)企業(yè)、重慶市科技型企業(yè)和重慶市“專精特新”企業(yè)的，給予一定額度資金獎勵，對科技型企業(yè)在申報市、縣科研項目時給予適度傾斜，組建重慶市石柱縣創(chuàng)業(yè)種子投資基金支持大眾創(chuàng)業(yè)。2016年至今，全縣新增1家國家高新技術(shù)企業(yè)、1家重慶市牛羚企業(yè)、77家重慶市科技型企業(yè)，給予石柱縣首屆創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽勝出的7家初創(chuàng)企業(yè)、1個創(chuàng)業(yè)團隊共230萬元資金支持。
　　 二是建立研發(fā)投入引導機制。強化企業(yè)研發(fā)投入主體地位，鼓勵企業(yè)建立研發(fā)準備金制度，稅前按實際支出額進行加計扣除，并按其上年研發(fā)投入的3-10%給予獎勵；新認定為國家高新技術(shù)企業(yè)的，從認定次年起，連續(xù)三年按企業(yè)所得稅地方留成部分50%的額度作為研發(fā)專項資金補助；對新認定為國家級、市級重點新產(chǎn)品、市級高新技術(shù)產(chǎn)品的給予一次性獎勵。2016年，全社會研發(fā)投入超過1.6億元，全縣有研發(fā)投入的單位70家（包括兩家科研機構(gòu)）；即將兌現(xiàn)研發(fā)投入引導獎勵（補助）近500萬元、“雙高”獎勵100萬元。
　　 三是建立“雙創(chuàng)”平臺建設機制。鼓勵以企業(yè)為主體建設創(chuàng)新平臺、創(chuàng)新園區(qū)和創(chuàng)新機構(gòu)。對企業(yè)自建或牽頭組建“雙創(chuàng)”平臺園區(qū)，每年按照一定標準安排科技創(chuàng)新項目；每年安排專項資金支持眾創(chuàng)空間、雙創(chuàng)示范點建設。目前，全縣共有農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新園區(qū)2個、農(nóng)業(yè)科技專家大院7個、企業(yè)工程（技術(shù)）研究中心2個、眾創(chuàng)空間6個，即將啟動建設市級高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)。
　　 四是完善市場化引才機制。充分發(fā)揮企業(yè)引才、用才的主體作用，出臺《石柱縣引進緊缺實用人才若干優(yōu)惠政策規(guī)定（試行）》《石柱縣大力引進重點產(chǎn)業(yè)科技創(chuàng)新人才若干優(yōu)惠政策規(guī)定（試行）》等文件，支持企業(yè)引進、培養(yǎng)高端創(chuàng)新人才，為特色產(chǎn)業(yè)發(fā)展提供智力支撐；安排人才工作專項經(jīng)費，獎勵、資助各單位引進創(chuàng)新人才；對企業(yè)引進或培養(yǎng)的國家級、省部級創(chuàng)新人才，經(jīng)認定后每年安排一定額度的縣級科技創(chuàng)新項目支持開展創(chuàng)新活動。2017年，共支持企業(yè)引進 “三區(qū)”科技人才21名、組建“兩在外”模式技術(shù)創(chuàng)新團隊3個，建立特色產(chǎn)業(yè)技術(shù)創(chuàng)新服務團隊6個。
　　 五是完善成果引進轉(zhuǎn)化機制。將縣校（院）合作作為科技成果引進轉(zhuǎn)化的重要載體，把重點產(chǎn)業(yè)、重點企業(yè)、重點項目作為主要服務對象，充分發(fā)揮市場對科研項目立題的導向作用，推進有利于企業(yè)創(chuàng)新、產(chǎn)業(yè)增效、經(jīng)濟發(fā)展的科技項目管理市場化改革，更多地采用財政后補助、間接投入等方式，引導支持企業(yè)先行投入轉(zhuǎn)化科技成果，形成技術(shù)源頭（院校機構(gòu)）+轉(zhuǎn)化媒介（縣校合作參與部門）+產(chǎn)業(yè)化應用（特色產(chǎn)業(yè)龍頭骨干企業(yè)）的科技成果轉(zhuǎn)化鏈條。2017年，縣級創(chuàng)新發(fā)展專項資金設立六類創(chuàng)新發(fā)展項目，其中圍繞特色生態(tài)工業(yè)、特色效益農(nóng)業(yè)和康養(yǎng)休閑生態(tài)旅游業(yè)設置重大科技創(chuàng)新專項，對開放合作創(chuàng)新、關(guān)鍵共性技術(shù)攻關(guān)、試驗示范、適用技術(shù)推廣等進行立項支持，將立項資助8個“四眾”支撐平臺建設和15個特色產(chǎn)業(yè)科技成果產(chǎn)業(yè)化應用。